대학재정 부실과 기부금 모금 계획서 임의조작 의혹제기는 서해대학은 설립이후 대학재정 부족으로 대출을 받은 사실이 없었으며, 기부금 모금 계획서 역시 예수교장로회 군산노회 제62회 춘계 정기노회 1차임시노회에서 결의한 사항으로 임의 조작 주장은 허위임이 드러났다.
또 국가지원금으로는 학생들의 실습교육장비 외는 사용할 수 없는데도 교직원연금분담금 등을 학생등록금으로 충당함으로써 등록금 부담이 가중된다는 주장도 근거가 없는 것으로 확인됐다.
서해대학 측은 “수익용기본재산 확보와 관련 군산노회가 매년 출연키로 한 기부금 확보에 노력하고 있으며, 대학 측을 음해하는 진정내용이 여과 없이 보도되어 학사행정에 문제가 있는 것처럼 비쳐지고 있으나 아무런 문제없이 정상적으로 운영되고 있다”고 밝혔다.
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